gnina（发音为NEE-na）是一个分子对接程序，具有使用卷积神经网络对配体进行评分和优化的综合支持。 这是的叉子，是的叉子。 帮助 请。 提供一个示例Colab笔记本，其中显示了如何使用gnina。 引文 如果您发现gnina有用，请引用我们的论文： GNINA 1.0：分子对接与深度学习（主要应用引用） 阿McNutt，P Francoeur，R Aggarwal，T Masuda，R Meli，M Ragoza，J Sunseri，DR Koes。 ChemRxiv，2021年 卷积神经网络的蛋白质配体评分（主要方法引用） M Ragoza，J Hochuli，E Idrobo，J Sunseri，DR Koes。 J.化学。 Inf。 模型，2017 基于原子网格的卷积神经网络的配体姿态优化M Ragoza，L Turner和DR Koes。 分子与材料的机器学习NIP

酮醇酸还原异构酶抑制剂的分子对接法设计与生物活性，王宝雷 ，马翼，酮醇酸还原异构酶（KARI）是一个有前景的除草剂靶标酶，有关其抑制剂的设计研究鲜有报道。在文献报道的菠菜KARI酶复合物0.165 nm高分�

（二）柔性对接的方法 （1）构象的系综方法 Flexibase用来储存小分子库中每个分子的一系列不同构象，用距离几何和能量最小化的方法产生构象，每个分子根据rmsd的差异选择25个系列构象。每个构象采用FLOG刚性对接的方法进行对接。 *

很不错的分子对接教程,形象易懂.....

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利用python实现Autodock Vina多对多分子对接结果筛选并绘制热图

评价：打分函数 每一个对接的算术都会采用平衡了时效和精确度的简单自由能预测方法，现在的打分函数主要包括三种：基于经验的回归参数的方法；基于分子力场的方法和基于知识的方法、基于知识的打分函数 。 *

Molecular Operating Environment 是药物研发环境，它具有可视化特点，用于药物与方法的研发仿真。MOE应用范围广泛，用户包括全球各地生物技术和制药企业组织。MOE使用自成一体的编程系统，以及SVL (Scientific Vector Language,科学向量语言)。SVL是一种化学专业易于接受的脚本语言，专门用于生命科学的应用开发。 Molecular Operating Environment（MOE）破解版是一款功能强大的分子操作环境。 基于结构的设计，当可获得时，大分子晶体学数据可以是用于发现活性配体的有价值的信息来源。 MOE提供了一系列应用，用于可视化和理解受体活性位点和受体 - 配体相互作用的细节。 这些应用用于建议对候选结合物的配体或筛选配体数据库的改进。新版本包含用于蛋白质建模的用户界面增强和用于计算机辅助分子设计的新科学应用。MOE 2015.10的其他功能包括基于域的蛋白质模板搜索，以获得更准确的同源模型，MOE项目的多聚体支持以及在云上运行MOE的协议。CCG（化学计算集团）是生命科学软件解决方案的领先供应商。凭借在科学创新方面的成功记录，CCG继续为制药，生物技术和学术研究人员提供药物发现方面的最新应用。 CCG的软件平台是分子操作环境（MOE），计算化学家，药物化学家和生物学家在世界各地的主要制药和生物技术公司中使用。 小编提供moe软件分子对接步骤，有需要不要错过

使用gold文件，修改代码中的protein和ligand就可以通过ccdc的python-api实现分子对接。并且在控制台中输出每个参考配体出用新分子的得分（大->小）。