用Perl编写的生物信息学工具
这里的大多数脚本是在我从事不同项目时编写的，我认为这对其他人将很有用，并且可以根据需要进行扩展/修改。
IO ::常规
脚本使用自定义 Perl模块。
请通过浏览目录查看安装说明。
如果要安装lncRNApipe Pipeline，则会自动安装IO::Routine模块。
需要Bio::SeqIO模块已安装且可用。
nc lncRNA管道
从头开始提取推定的新型lncRNA的管道，其中提供了从深度测序数据（例如：RNA-Seq）和注释数据组装而成的GTF格式的转录本列表。
转到目录以获取脚本列表。
安装lncRNApipe及其所有依赖项（Mac和
2024-04-11 16:13:10
325.53MB
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==================== microRNA 测序
为 microRNA 测序分析管道创建存储库
包含用于 microRNA 测序数据分析的所有自定义 linux bash 脚本、perl 脚本和 R 脚本的存储库。
为了使用提供的管道和脚本，用户应该首先参考 miRNA-seq_QC_filter.txt 文件，这将导致其他不同的脚本。 以后可能会为每个脚本添加更多的README文件，以方便用户的使用和理解。
有关我们的文章或存储库的任何查询，请联系：
北卡罗来纳州
或者
Correia, C.
或者
麦克休，DE
DOI 徽章： :
2022-04-03 19:49:08
55KB
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microRNA 的错误调节已被证明是导致疾病的原因。 最近，我们提出了一种基于 microRNA 目标基因网络上的随机游走框架的计算方法来预测疾病相关的 microRNA。 与现有的最先进的基于网络和机器学习的方法相比，这显示出优越性，因为它很好地利用了 microRNA 目标基因网络中 miRNA 与其目标基因之间的相互调节。 为了便于使用这种方法，我们开发了一个名为 RWRMTN 的 Cytoscape 应用程序来预测与疾病相关的 microRNA。 RWRMTN 可以在任何 microRNA 目标基因网络上工作。 高排名的 microRNA 可以得到文献证据的支持。 然后，它们也可以根据与查询疾病及其目标基因的关系排名进行可视化。 此外，还集成了自动化功能，允许从外部工具使用 RWRMTN
2022-02-15 14:58:02
3.71MB
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RNA-Seq数据中circRNA的定量，差异表达分析和miRNA目标预测分析的工作流程。
介绍
nf-core / circrna是一种生物信息学流水线，用于定量，miRNA靶标预测和RNA测序数据中存在的circRNA的差异表达分析（当前支持总RNA-Seq配对末端测序数据，已映射至智人Gencode参考基因组GRCh37， GRCh38 v34）。
pipleline已以模块化方式开发，除了circRNA定量外，还允许用户选择miRNA靶标预测，差异表达分析（或两者），以促进围绕circRNA参与竞争内源RNA网络的假设。
该管道是使用构建的， 是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。 它带有docker容器，使安装变得简单，结果可高度重现。
管道摘要
默认情况下， nf-core/circrna使用所有3个分析模块： circrna_discovery
2022-01-11 15:32:11
990KB
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行业分类-物理装置-基于氯高铁血红素诱导生物催化光电敏感界面的miRNA高效检测.zip
2021-08-04 18:04:01
252KB
2019-Trends in the development of miRNA bioinformatics tools.pdf
2021-07-23 14:02:32
2.06MB