通过导入数据,选择相应的算法,参数等,构建基因调控网络。简单方便可行
2022-02-17 14:19:51 4.54MB 基因 调控网络 gene
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GTEx数据集(V8)的条件变量自动编码器 该项目旨在使用生成模型生成合成基因表达数据。 我们首先研究数据的3D表示形式以及可能要依据的变量,以便有效地分离分布。 当前模型以组织为条件。 组织着色的GTEx数据集(1000个随机基因)的3D表示形式(UMAP,TSNE,PCA): CVAE当前的重建质量,取决于组织。 基于: 对VAE方差损失论文: , , 项目进度: 基准模型创建 评估潜在空间中的均值,绝对差和分组的函数 模型调整 潜在空间大小 批次大小,学习率(应尽早确定时期数) 附加致密层的数量,每个附加层中神经元的数量 有条件的VAE模型(条件之一:组织或年龄) b-VAE模型(损失函数中的MSE / KL散度权重) 相关的VAE( ) torch_model.py神经网络的层和属性 gtex_loder.py加载基因表达数据集 torch_train
2022-01-10 10:05:56 1.65MB gene-expression pytorch gtex vae-implementation
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DeepGO-预测基因本体功能 DeepGO是一种使用蛋白质序列和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络预测蛋白质功能的新颖方法。 它使用深度神经网络来学习序列和PPI网络特征,并使用GO类对它进行分层分类。 使用神经符号方法学习PPI网络功能,以学习知识图表示 该存储库包含用于构建和训练DeepGO模型的脚本,以及用于评估模型性能的脚本。 依存关系 要安装python依赖项,请运行:pip install -r requirements.txt 剧本 这些脚本需要OBO格式的GeneOntology。 nn_hierarchical_seq.py-此脚本用于构建和训练仅使用蛋白质序列作为输入的模型。 nn_hierarchical_network.py-此脚本用于构建和训练模型,该模型使用蛋白质的序列和PPI网络嵌入作为输入。 get_data.py,get_functions.p
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自定义注释的mybatis-generator-core-1.3.6.jar, 可以带表字段注释的实体类
2021-12-03 18:21:31 647KB mybatis-gene mybatis-gene
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DIYABC的用户手册,用于基因流分析,主要有5个部分:前沿;算法;图形用户界面;实施细节;集群版本
2021-12-02 10:12:13 8.13MB DIYABC Gene flow
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mybatis-generator 自动生成的 demo,建库加图文教程,请查看:https://blog.csdn.net/qq_40147863/article/details/85886166
2021-11-22 16:43:31 28KB mybatis-gene
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分类器集成算法Gasen在matlab上的实现。运行时需要GAOT工具箱。
2021-10-25 16:03:49 5KB Gasen matlab gene
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在做项目的时候,我们不得不写底层的一些繁琐代码,比如说实体类、dao层之类的,既浪费时间又费事,最主要的是还没效率。mybatis本地反向生成完整demo
2021-10-08 17:12:06 929KB mybatis-gene
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mybatis-generator自动生成代码(含中文注释) 这是一个maven项目,下载后直接导入到eclipse或者idea中即可。 修改对应的generatorConfig.xml 改成自己的数据库配置,然后运行App.java即可生成
2021-09-06 09:57:39 15KB mybatis mybatis-gene
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自己写的一个生成有限域元素的C代码,灵活多变。动态调整。
2021-08-05 19:04:19 1KB C有限域 生成有限域元素 GF(256)
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